一、家畜分子育种研究进展（论文文献综述）
王玉杰,冷春旭,孙中义,王珣,赵曦,李晓娟,赵伟[1]（2022）在《浅析生物技术在作物育种中的应用》文中研究说明科技的发展和生活水平的提高,对农作物的产量和品质提出了更高的要求,而将现代生物技术应用于作物育种中,不但能促进作物改良,显着提升农产品的质量,而且能提升种植效率,促进农业的可持续发展,建设环境友好型农业。本文作者简要介绍了生物技术育种的发展历程,详细阐述了生物技术在作物育种中的应用,并对其提出了前景展望,以期为生物技术育种产业化发展提供参考。
王源朗,丁海生,赵辉玲,黄冬维[2]（2022）在《2020年国内外家兔遗传育种与繁殖研究进展》文中研究指明家兔是中国传统的畜禽品种,同时也是中国畜牧业的重要组成部分。近年来,随着产业升级,生物技术快速发展,国内外家兔遗传育种取得了较大进展。文章分别从传统育种与分子育种2个方面对2020年国内外家兔遗传育种与繁殖研究进展进行了综述,以期为家兔种质资源利用与保护提供参考。国外在传统育种与分子育种上均作了较多研究,在传统育种上主要针对选择和环境因素对家兔生长及繁殖性能的影响进行研究;在分子育种上对生长及肉质相关基因、繁殖性能相关基因及遗传多样性等方面进行研究。国内开展的家兔遗传育种与繁殖研究数量相较国外更多,研究重点集中于分子育种,包括对皮毛性状、肉质性状及繁殖性能相关基因的研究;传统育种主要包括选择和环境效应对家兔生长与繁殖性能的影响。
王凤红[3]（2021）在《山羊SNP芯片设计与内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析及基因组选择研究》文中认为绒山羊是我国特色优势品种,所产山羊绒是我国唯一具有出口定价权的畜产品。内蒙古绒山羊因产绒量高、绒毛品质优良和遗传性能稳定而享誉世界。本研究基于课题组前期完成的不同山羊品种基因组、转录组数据筛选功能位点,研发出首张适用于国内地方山羊品种芯片,结合系谱和生产性能测定记录,构建了高质量参考群体,基于该芯片在内蒙古绒山羊群体内开展了全基因组关联分析及大数据基因组选择研究,对绒毛品质性状的遗传机理进行初步解析,确定了内蒙古绒山羊基因组选择最佳方法。本研究充分利用我国绒山羊种质资源优势,从基因组角度研究和挖掘一批与羊绒生产性状相关的分子标记和基因资源,为今后绒山羊遗传资源保护和利用提供科学依据,为内蒙古绒山羊优质高产新品系培育提供新的基因资源和理论指导。论文主要结果如下:1.基于课题组近30年测定积累的616 113条内蒙古绒山羊系谱和生产性能记录数据,通过ASREML软件,对内蒙古绒山羊重要经济性状进行遗传参数估计。结果表明:群、测定年份和个体年龄对各性状均有显着影响,可作为固定效应纳入模型。产绒量、绒细、毛长的遗传力分别是0.24、0.27、0.32,均属于中等遗传力（0.20-0.40）,体重和绒长属于低遗传力（0.12和0.14）。产绒量、体重、绒长、绒细、毛长之间的遗传相关在-0.32～0.40之间,表型相关在-0.02～0.20之间;发现各性状加性方差较前人研究减小,说明选育后的性状遗传变异减小,有利于选育目标性状的基因型得到有效选择和纯合性状表型更加整齐。2.利用36个典型的中国地方品种（372个个体）和49个国外品种（226个个体）的山羊基因组、转录组数据,同时最大化兼容Illumina山羊52K SNP芯片位点,添加课题组多年来积累的重要功能位点数据,累计约4 500万个MAF大于0.2的SNPs,采用条件性的多目标局域性优化算法,通过对SNPs严格筛选,最终保留67 088 SNPs位点,集成一款全新的山羊70K SNP芯片（GGP＿Goat＿70K）;基于山羊70K SNP芯片,在内蒙古绒山羊群体中进行基因分型测试,所有个体均成功分型,平均call rate98.8%。说明利用该芯片可以实现山羊的基因分型,同时获得了1 920个个体的基因型数据,可用于后续的GWAS和基因组选择研究。3.基于获得的1 920个个体的基因型数据,对内蒙古绒山羊的绒长、绒细和产绒量三个性状进行全基因组关联分析。首先对绒长、绒细和产绒量进行数据整理,检测表型数据是否符合正态分布;同时对内蒙古绒山羊群体进行主成分分析,判断是否存在群体分层现象;然后使用混合线性模型进行GWAS分析,通过分位数-分位数（Quantile-Quantile,Q-Q）图判断期望值和观测值的拟合程度。结果表明在基因组水平获得了4个显着SNPs,扩大100 kb后经注释发现GALNTL5、CCDC171、STUM、CMAS、FGF12、POLN、TACC3、PRLR、EVPL、COL3A1和SOX5为内蒙古绒山羊绒毛性状的重要候选基因,可以用于后续深入研究。4.基于70K SNP芯片在国内开展了绒山羊基因组选择研究,使用GBLUP和SSGBLUP方法估计了内蒙古绒山羊绒长、绒细、产绒量、体重和毛长5个性状的遗传力和基因组育种值,同时与研究一使用的ABLUP法获得的数据进行比较,并用5次重复的5倍交叉验证来评价育种值预测的准确性。结果表明（1）GBLUP和SSGBLUP法估计产绒量的遗传力为0.26和0.28;体重的遗传力为0.17和0.14;绒长的遗传力均为0.09;绒细的遗传力均为0.30;毛长的遗传力为0.31和0.32。（2）SSGBLUP对5个性状评估准确性在45%-82%之间,与ABLUP相比提高19%-25%;（3）SSGBLUP相比于GBLUP和ABLUP有更高的预测准确性和无偏性,SSGBLUP是内蒙古绒山羊基因组选择的最佳方法;（4）通过实施基因组选择可以使内蒙古绒山羊育种世代间隔从4.5年缩短至2年。
葛菲[4]（2021）在《阿什旦牦牛早期生长性状的全基因组选择与关联分析》文中进行了进一步梳理阿什旦牦牛是利用我国遗传资源培育成功的具有自主知识产权的国家级牦牛新品种,以无角、易饲养管理、生长发育快为主要特征。基因组选择及全基因组关联分析是利用全基因组范围内的遗传标记对目标性状进行精准的育种值估计及有效位点筛选的分子遗传育种技术。本研究以354头阿什旦牦牛作为试验群体,使用Illumina Bovine HD Genotyping Bead Chip芯片对该群体进行基因分型,并追踪该群体6月龄（断奶）、12月龄（周岁）的生长性状（体重、体长、体高、胸围）,然后分别采用不同模型对该群体的早期生长性状进行基因组选择和全基因组关联分析。本研究旨在探索基因组选择在阿什旦牦牛育种中应用的可行性,同时通过对阿什旦牦牛的早期生长性状的全基因组关联分析,为后期牦牛选育提供可靠的显着关联位点,并为全面解析其生产性能形成的遗传机理提供借鉴。研究内容和主要结果如下:（1）利用AIREML算法对阿什旦牦牛早期生长性状进行遗传力估计。结果表明,所有生长性状的遗传力估计值在0.07-0.57之间。其中大部分生长发育性状属于中高遗传力。（2）利用GBLUP、Bayes A、Bayes B、Bayes Lasso四种统计模型对早期（6月龄及12月龄）生长性状进行育种值估计,并采用5×交叉验证方法对不同模型的准确性进行评估,随后用30月龄的表型值来判断早期基因组估计育种值的准确性,从而判断基因组选择在阿什旦牦牛群体应用的可行性。结果显示基因组预测的准确性在0.155-0.391之间,不同方法对6月龄体重的基因组预测的平均准确性为0.292,6月龄体高平均准确性为0.366,6月龄体长的平均准确性为0.287,6月龄胸围的平均准确性为0.293,12月龄体重的平均准确性为0.233,12月龄体高的平均准确性为0.216,12月龄体长的平均准确性为0.163,12月龄胸围的平均准确性为0.247。各模型预测准确性与性状的遗传力均呈正相关。阿什旦牦牛30月龄表型值与各模型对其早期生长性状的基因组估计育种值之间的相关系数为0.401（GBLUP）、0.422（Bayes A）、0.403（Bayes B）、0.374（Bayes Lasso）。（3）使用GLM、MLM、Farm CPU三种全基因组关联分析线性模型,筛选与阿什旦牦牛早期增重、体长增长、体高增长、胸围增长性状的显着关联位点。本研究在基因组上共检测出67个显着SNP位点,并注释到58个候选基因。筛选到的候选基因中,部分基因与人类和其他畜禽生长性状的研究结果较一致,如INTS1基因、CA5A基因、TRIM32基因等。此外,本研究还关联到影响畜禽生产、肉质等性状的重要基因PRKAG3。据相关研究报道,PRKAG3基因在大通牦牛和甘南牦牛的生长发育过程发挥重要作用。
丁海生,黄冬维,汪勇,程广龙,马荣幸,杨永新,赵辉玲[5]（2020）在《2019年国内外家兔遗传育种与繁殖研究进展》文中提出家兔是节粮型草食小动物,其养殖投资少、见效快,已成为中国促进农民增收、助力脱贫攻坚的优势产业。近年来,随着生命科学的发展,国内外家兔遗传育种取得了较大进展。文章分别从家兔传统育种、分子育种和繁殖等方面对国内外2019年家兔遗传育种与繁殖研究进展进行了综述。国外在传统育种、分子育种和家兔繁殖方面均作了较多的研究,传统育种主要是针对选择和环境及添加物对家兔生产性能影响的研究;分子育种方面主要是对繁殖性状相关基因的研究,其中产仔数及精液蛋白方面的研究较多,其次是生长、肉质、毛色等性状相关基因的研究;而繁殖方面的研究主要针对公兔精液的保存方法及添加物对家兔精液品质、产仔数和受胎率的影响。国内家兔遗传育种与繁殖研究也主要包括传统育种、分子育种和家兔繁殖,但国内的研究重点在分子育种研究,其中品种与遗传多样性及皮毛性状功能基因的研究较多,主要采用高通量测序、常规基因克隆和基因编辑的方法筛选对研究性状具有重要调控功能的基因及调控网络;而传统育种性状评定和家兔繁殖方面的研究相对较少。该综述可为家兔的育种和生产研究提供参考。
王真[6]（2020）在《陕北白绒山羊MMAF相关基因遗传变异的挖掘及其与产羔数关联研究》文中指出陕北白绒山羊是一种优良的绒肉兼用型山羊品种,但其繁殖性能亟待提高,故利用分子标记辅助选择（MAS）方法对其繁殖性状的遗传改良具有重要意义。作为山羊繁殖相关候选基因,精子鞭毛多发形态异常（MMAF）相关基因包括DNAH1、QRICH2、CFAP43、CFAP44、CFAP69、CCDC39和AKAP4。本研究首先利用现代分子遗传学和分子生物学技术挖掘MMAF相关个基因INDEL位点,并将其与陕北白绒山羊大群体母本产羔数进行遗传效应分析;再分析显着相关基因的CNV位点,并探究它们与产羔性状的相关性;最后,在确定INDEL和CNV位点均能影响山羊产羔数的MMAF相关基因基础上,进一步探究此基因关键位点的SNP突变与产羔数的关系。本研究期望找到与产羔数相关的分子标记,从而为通过MAS提高其繁殖性状提供有效DNA标记和科学资料。1.山羊MMAF相关基因的INDEL挖掘及其与产羔数的关联分析考虑到INDEL检测技术的快速性、简便性与可操作性,同时,也发现MMAF相关基因INDEL多态方面的研究较少,故本研究首先挖掘了山羊MMAF相关基因的INDEL突变,并将其与1025只陕北白绒山羊第一胎产羔数进行关联分析。结果发现DNAH1基因P1（rs636295440）和P3位点（rs662697370）存在多态性,QRICH2基因的P4位点（rs651821102）存在多态,CFAP43基因的P20位点（rs644941577）存在多态,CFAP69基因的P4（rs646423399）、P6（rs654691768）和P7（rs658907780）位点存在多态。进一步将以上7个INDEL突变位点与陕北白绒山羊关联分析,发现DNAH1-P1（rs636295440）和CFAP43-P20（rs644941577）位点能显着影响产羔数（P<0.05）,但这两个位点不存在强连锁关系,说明这两个突变均可作为山羊产羔数性状遗传选育的有效分子标记。2.山羊MMAF相关的DNAH1基因CNV挖掘及其与产羔数的关联分析基于以上MMAF相关基因INDEL突变位点的显着性研究结果,根据Animal Omics Database数据库,发现只有山羊DNAH1基因存在3个外显子CNV,CFAP43基因不存在外显子CNV突变,因此,本研究进一步探究了DNAH1基因的3个外显子区域CNV与318只陕北白绒山羊产羔数的相关性,期望为山羊繁殖性状的遗传选育提供理论依据。本研究利用q PCR方法对DNAH1基因3个外显子区CNV突变鉴定,发现这3个突变位点均存在多态,即缺失（Loss）型、中间（Medium）型和获得（Gain）型。在CNV1（NC＿030829.1:g:48593201-48595200）,CNV2（NC＿030829.1:g:48603601-48605200）和CNV3（NC＿030829.1:g:48617201-48618800）突变中,Gain基因型相比较Medium和Loss基因型均具有最高的产羔数（P<0.01）。提示位于DNAH1基因外显子区域的CNV1（NC＿030829.1:g:48593201-48595200）,CNV2（NC＿030829.1:g:48603601-48605200）和CNV3（NC＿030829.1:g:48617201-48618800）突变均可作为山羊产羔数性状的有效分子标记。3.山羊MMAF相关的DNAH1基因SNP挖掘及其与产羔数的关联分析基于以上的INDEL和CNV突变的显着性研究结果,并且考虑到SNP检测方法较为复杂,耗时较长等方面,本研究最后检测DNAH1基因的SNP突变,并分析这些SNP突变与327只陕北白绒山羊母本产羔数的关联情况。根据DNAH1基因上游启动子附近预测的转录因子发现,上游存在10个SNP突变可能能差异结合C/EBPα、TBP、PR等多个与繁殖性状相关的转录因子,故本研究利用DNA测序方法挖掘DNAH1基因启动子附近的10个SNP突变并将其与陕北白绒山羊的产羔数进行关联分析。结果发现SNP1（rs665366227）、SNP3（rs638339874）、SNP4（rs653533484）、SNP5（rs646237158）、SNP7（rs640739292）、SNP9（rs656018411）和SNP10（rs644545438）位点均存在多态。根据关联分析结果,结果表明:SNP1（rs665366227）、SNP5（rs646237158）和SNP7（rs640739292）位点与陕北白绒山羊产羔数显着相关,这3个位点的野生型具有较高的产羔数,同时发现DNAH1基因的SNP1（rs665366227）、SNP5（rs646237158）、SNP7（rs640739292）和SNP10（rs644545438）位点属于强连锁关系（r2>0.33）。这些结果提示:DNAH1具有丰富的遗传多态性,并可能通过连锁关系发挥影响产羔数性状的作用,可用于山羊产羔数性状的分子育种选育中。4.山羊MMAF相关基因关键突变组合基因型与山羊产羔数的关联分析产羔性状是一种复杂的数量性状,涉及到多个基因和基因座。因此,分析多个基因座对产羔数的连锁不平衡关系以及联合效应较为重要。本研究探索了MMAF相关基因的分子多态与山羊产羔数的关系,共发现8个多态位点与陕北白绒山羊产羔数显着或极显着相关,其中位于DNAH1基因内的DNAH1-SNP1（rs665366227）、DNAH1-SNP5（rs646237158）、DNAH1-SNP7（rs640739292）、DNAH1-P1（rs636295440）、DNAH1-CNV1（NC＿030829.1:g:48593201-48595200）、DNAH1-CNV2（NC＿030829.1:g:48603601-48605200）和DNAH1-CNV3（NC＿030829.1:g:48617201-48618800）位点均能显着影响山羊产羔数（P<0.05）;位于CFAP43基因内的CFAP43-P20（rs644941577）位点能显着影响山羊产羔数（P<0.05）。在CNV与SNP突变位点与产羔数的组合效应分析中,结果发现共有18种组合基因型可用于关联分析,组合基因型11（Medium-Medium-Medium-AA-TT-CC）、16（Medium-Gain-Gain-AA-TT-CC）和17（Gain-Gain-Medium-AA-TT-CC）具有最高的产羔数,它们与组合基因型1（Loss-Loss-Loss-AA-TT-CC）和2（Loss-Loss-Loss-AG-TA-CT）均差异极显着（P<0.01）。通过连锁不平衡分析发现,只有位于DNAH1基因内的DNAH1-SNP1（rs665366227）,DNAH1-SNP5（rs646237158）和DNAH1-SNP7（rs640739292）处于强连锁不平衡状态。结果说明以上8个位点可用于陕北白绒山羊繁殖性状的遗传选育。
冷春旭,郑福余,赵北平,刘海英,王玉杰[7]（2020）在《水稻耐碱性研究进展》文中进行了进一步梳理我国土地盐碱化程度不断加剧,严重制约了粮食生产。水稻作为中度盐敏感作物,根系具有吸收盐分和分泌有机酸的作用,其生长的水环境能够淡化土壤表层盐碱度,是改良盐碱地的首选粮食作物。碱胁迫和盐胁迫均能对水稻造成渗透胁迫和离子毒害,而碱胁迫使水稻遭受高pH值和高盐分双重损伤,伤害作用和调控机制比盐胁迫更为严重和复杂。目前,研究多集中于盐胁迫,对碱胁迫下水稻响应和调控机制的研究较少。综述了碱胁迫对水稻生长发育和生理生化的影响、水稻耐碱机理及相关基因的研究,提出了强化水稻耐碱性的策略,以期通过分子生物技术培育耐碱水稻新品种,实现盐碱地改良,扩大水稻种植面积和总产量,保障粮食生产安全。
孔晓卉[8]（2020）在《秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析》文中研究表明CDC10（cell divison cycle 10,又名SEPT7）属于Septins家族,该家族蛋白的作用主要包括细胞内物质运输、细胞膜重建和染色体分离等。CDC10基因位于多个肉牛品种生长性状相关QTL区域,在调控肉牛肌肉生长发育、影响肉牛生长性状等方面具有一定的普遍性,因此CDC10基因可视为影响我国地方黄牛生长性状的重要候选功能基因。本研究为挖掘与秦川牛生长性状相关的CDC10基因突变位点,首先通过对秦川牛、鲁西牛、蒙古牛和中国西门塔尔牛品种的CDC10基因启动子区域进行测序,检测我国地方黄牛品种特异性突变位点;利用直接测序和MassARRAY技术对384头秦川牛样本进行基因分型,进而将CDC10基因突变位点与秦川牛生长性状进行关联性分析。同时,本研究为进一步揭示CDC10基因影响牛成肌细胞增殖分化的分子机制,首先构建慢病毒CDC10过表达载体并合成siRNA干扰序列;通过过表达和干扰CDC10基因,利用EdU技术检测CDC10表达量对牛成肌细胞增殖的影响,利用MyHC免疫荧光检测CDC10表达量对牛成肌细胞分化的影响,同时利用实时定量PCR检测细胞增殖、分化相关基因表达量变化。本研究利用生物信息学预测CDC10基因启动子上游g.61710450G>C位点可能结合的转录因子,并利用EMSA凝胶迁移检测技术初步观察该位点转录因子结合状态。研究结果如下:1)CDC10基因启动子上游共发现7个SNP（single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性）位点;其中,g.61710450G>C位点与秦川牛的体斜长、腰角宽和坐骨端宽性状显着相关（P<0.05）,与体重、胸围和体高性状极显着相关（P<0.01）;g.61711075T>G位点与秦川牛的体重和胸围性状显着相关（P<0.05）;其它SNP位点与秦川牛生长性状无关联性;2)过表达CDC10后显着促进了牛成肌细胞增殖（P<0.05）,干扰CDC10表达后显着抑制了牛成肌细胞增殖（P<0.05）,同时CDC10基因与细胞增殖相关基因MEK、ERK1和ERK2的表达呈正相关（P<0.05）;3)过表达CDC10后显着抑制了牛成肌细胞分化（P<0.05）,干扰CDC10表达后结果相反（P<0.05）,CDC10基因与细胞分化相关基因MyoD、MyoG和MyHC的表达呈负相关（P<0.05）;4)生物信息学分析发现,当CDC10基因启动子上游217bp G>C位点（g.61710450G>C）为G等位基因型时,可构成GABPA、RORA-1、ELK4、FEV和ELF1等转录因子的结合基序;为C等位基因型时可构成Myog、Myod1、Tcf12、NHLH1、Tcf3、Bhlhe40和Arnt等转录因子的结合基序;5)EMSA实验结果显示,胎牛g.61710450G>C位点G等位基因型探针有转录因子结合条带。结果表明,CDC10基因g.61710450G>C和g.61711075T>G位点与秦川牛生长性状显着相关,可作为秦川牛遗传育种的有效分子标记;高表达CDC10基因可促进牛成肌细胞增殖,抑制牛成肌细胞分化;发现胎牛CDC10基因的g.61710450G>C位点G等位基因型有转录因子结合,为进一步揭示CDC10基因影响肉牛肌肉生长发育的调控机制提供了新的科学线索。
李晓凯[9]（2020）在《内蒙古绒山羊不同毛被类型性状变异及其分子遗传机制的研究》文中指出内蒙古绒山羊是我国着名的绒、肉兼用型地方优良山羊品种,经过30多年的系统选育工作,其不仅以绒毛品质优良闻名于世界,而且产绒量在所有绒山羊品种中亦具有明显优势。随着选育目标转变和市场需求变化,优质绒毛纤维生产是目前绒山羊育种的主要目标,在保持产绒量的同时如何降低绒纤维细度性状是今后分子生物学和数量遗传育种研究的主要方向。在生产实践及本课题组前期研究中发现,绒山羊群体中毛被类型存在遗传多样性,统计学和遗传参数估计表明,粗毛纤维性状与绒毛品质性状存在一定的遗传相关和表型相关,长毛型在各绒毛经济性状等方面具有优势。但关于毛被类型的性状变异的调控机制和遗传机理尚不清楚,在一定程度上阻碍了绒山羊的遗传改良进展。高通量测序技术的不断成熟以及测序成本的不断降低,为从多组学的角度解析复杂性状的遗传机制提供了可能。本研究以2018-2019年内蒙古亿维白绒山羊有限责任公司（原内蒙古白绒山羊种羊场）4-5月份生产性能测定数据记录为基础,通过毛被类型的详细表型观测描述、系谱记录信息、绒毛纤维的实验室测量、全基因组DNA重测序以及皮肤毛囊周期转录组测序等数据的综合挖掘分析,揭示毛被类型表型特征、遗传方式、遗传基础及表达调控的差异,为今后的绒山羊分子育种和间接选育工作提供基础。主要研究结果如下:1.通过对内蒙古绒山羊（阿尔巴斯型）不同毛被类型表型观察和描述性统计分析,发现长毛型的主要特征为全身粗毛被毛长且光亮,在群体各年龄段的比例中占有优势,约57.90%～78.70%;短毛型的主要特征为全身被毛粗短或仅四肢或背部粗毛较长,无光泽,在群体各年龄段占21.30%～42.12%。根据系谱和毛被类型数据进行遗传方式分析,推测毛被类型可能为常染色体遗传,其中长毛型显性性状。长毛型绒山羊在抓绒后体重、绒细和产绒量等方面均具有优势,可以作为今后品种选育提高的候选个体或亚群。2.全基因组重测序遗传变异检测共发现13,259,614个SNPs和2,646,292个InDels,基因组区域注释发现分别有0.60%的SNPs和0.16%的InDels属于外显子突变;其中含有错义突变和移码突变的基因分别为10,479和1,343个。基于全基因组SNP位点的群体遗传分化指数FST>0.15筛选,发现了 80,625个SNP和4,953个基因。GO功能分析注释发现富集细胞部分、核部分、线粒体包膜、线粒体膜、裂解酶活性、水解酶活性、刺激反应、细胞交流等生物学功能上,KEGG通路富集分析共发现262个信号通路,其中钙信号通路、赖氨酸降解、Notch信号通路、MAPK信号通路、WNT信号通路等与皮肤毛囊生长发育的相关信号通路中显着富集。3.利用FST和θπ相结合的滑动窗口方法进行全基因组扫描,共筛选到1,227个基因,包括长毛型特有的558个候选基因、短毛型特有的686个候选基因和长毛型与短毛型共有的17个受选择基因。其中ADA、ARID1B、UNC5C和ZEB1等已知与皮肤毛囊的生长发育相关,遗传突变会引起毛发的异常。长毛型个体中的PKIG、CDX1、GCC2、PPP1 CB、LIMS1、HDAC9、GFRA1、PDGFRB、Myo10、LATS2、PROM1、FGF16、TP73等13个基因和短毛型个体中LRPAP1、TRPV4、NELFA、CPLX1、DGKQ、NFKB1、EDA、CXCR3、FGF10、FGF13、FGFBP1、LTBP1、MBTPS2、PPP1CB、SHOC2、SOS2、KRT10、SLC6A14、SLC45A1、CACNG1、CCL19、COL4A5、FABP5、CTBP1等24个基因都是潜在的与毛被类型相关的候选基因。4.通过毛被类型（试验-对照）和毛长（混合线性模型）的GWAS分析,分别检测到12个和603个候选基因,其中检测到C6H4orf48、DGKQ、LOC108636241、LRPAP1、NAT8L、NELFA、POLN、RGS12、SLBP、TACC3、TMEM129 等基因与重组率相关,推测重组热点与毛被类型存在潜在的关系;此外毛长的功能挖掘分析,发现LRPAP1、NELFA、CPLX1、DGKQ、ABCC4、ARHGAP10、AEBP1、IL-6、DUSP6、ERRFI1、ENPP2、FARP2、ZNF407、CDH7、KIF7、TSPEAR、WNT16和CDH19等可能与毛长或毛被类型存在相关。5.利用毛被类型的名义显着性候选基因和课题组前期的不同毛被类型周期性比较转录组数据,进行WGCNA数据的挖掘分析,发现Yellow模块与毛被类型存在较强的相关性,其中CPLX1、LRPAP1、DGKQ、NELLFA、CDK5RAP2、COL18A1、FARP2、KIF7、RECQL5、RHBDF2、RIPK1、SEMA4B、TRPV4、UVSSA、ZFAT等候选基因可能与不同毛被类型存在潜在一定的相关性。6.候选位点关联验证分析,发现LRPAP1基因的第115544377位点的（G→A）的基因型与毛被类型存在极显着相关关系,即基因型（GG）与绒山羊短毛型相关;而AA或AG与绒山羊长毛型相关。本研究通过基因组选择信号、全基因组关联分析以及WGCNA等方法为从基因组层面定位了LRPAP1、TRPV4、NELFA、CPLX1、DGKQ等24个最可能与毛被类型存在相关的候选基因,为今后毛被类型的分子调控机制提供了分子基础。通过遗传变异检测获得了的大量功能突变位点也为今后绒山羊的品种分子遗传改良提供了大量的潜在的分子遗传标记。
李世军[10]（2020）在《牛PLIN1基因转录调控机制及其对前体脂肪细胞增殖、分化和脂类代谢的作用研究》文中进行了进一步梳理脂滴包被蛋白（perilipin,PLIN1）是一种在真核生物中由PLIN1基因编码的蛋白质。PAT家族是与脂滴表面蛋白相关的蛋白质家族。PLIN1的磷酸化对脂肪组织中脂肪代谢有重要作用,在脂肪细胞中调节脂肪分解和脂肪储存起重要作用。PLIN1包被在脂滴外层,可阻止体内脂肪酶进入脂滴,如激素敏感性脂肪酶（HSL）和脂肪甘油三酯脂肪酶（ATGL）。PLIN1基因对脂肪分解具有双向调控作用:基础状态下,PLIN1包被于脂滴表面,阻止脂肪酶接触到脂滴内的甘油三酯,从而抑制脂肪分解;能量需求增加时,c AMP-PKA信号通路被激活,PLIN1磷酸化促进脂解。为了探究牛PLIN1基因对牛脂肪细胞增殖分化和脂类代谢的调控作用,本研究以秦川肉牛初生犊牛前体脂肪细胞为实验材料,通过腺病毒介导过表达和干扰PLIN1基因的方法,来探讨PLIN1基因在调控牛前体脂肪细胞增殖分化过程及脂类代谢中作用,主要研究内容如下:1、PLIN1基因多态位点与秦川肉牛生长性状和肉质性状的关联分析检测PLIN1基因在秦川肉牛12个不同组织部位中的表达量,牛PLIN1基因在皮下脂肪组织中表达量显着高于其它组织（p<0.01）。在510头秦川肉牛样本中,通过直接测序检测到PLIN1基因上存在5个SNP位点,分别是g.3579T>C、g.3897G>A、g.8332G>A、g.10516T>C和g.10537G>T。关联分析显示,这5个SNP位点与秦川肉牛部分生长发育性状和肉质性状紧密关联。单倍型组合型H2H4可作为有效分子标记用于秦川肉牛育种。2、转录因子E2F1、PLAG1、C/EBPβ和SMAD3对PLIN1基因的转录调控作用克隆得到PLIN1基因5’端上游序列1978bp,通过逐段缺失及双荧光素酶活检测确定PLIN1基因核心启动子区位于-209～-17bp之间。在核心启动子区域预测并筛选得到C/EBPβ、E2F1、PLAG1和SMAD3等重要转录因子。通过定点突变和干扰试验,C/EBPβ、E2F1、PLAG1和SMAD3等转录因子在维持PLIN1基因启动子活性中起到重要作用。进一步通过EMSA实验,在体外验证C/EBPβ、E2F1、PLAG1和SMAD3等转录因子是PLIN1基因的关键转录因子,验证了PLIN1基因在牛脂肪细胞中有重要调控作用。3、PLIN1基因对牛前体脂肪细胞增殖、分化和脂类代谢作用通过构建牛PLIN1基因腺病毒过表达和干扰载体,并包装获得过表达重组腺病毒Ad-PLIN1和干扰重组腺病毒sh-PLIN1。在牛前体脂肪细胞中,过表达PLIN1基因在m RNA水平上促进PLIN1、FASN、PPARγ、ACC、LPL、FABP4、DGAT2和C/EBPβ等基因的表达,抑制了PLIN2和ATGL等脂肪代谢基因的表达,在蛋白水平上促进PLIN1、FASN、PPARγ、ACC、LPL、FABP4和DGAT2等基因的表达,抑制了ATGL基因的表达;类似地在牛前体脂肪细胞中干扰PLIN1基因则会有相反的结果。在过表达PLIN1基因后,油红O染色结果显示脂肪细胞中脂滴数目增加且体积增大,甘油三酯检测含量也增加;干扰PLIN1基因后,脂肪细胞中脂滴的数目减少且体积变小,甘油三酯含量减少,说明PLIN1基因能够促进牛前体脂肪细胞甘油三酯积累,在脂肪代谢中有重要调节作用。4、基于转录组测序分析PLIN1基因对脂类代谢影响及关键基因挖掘通过转录组测序（RNA-seq）对过表达腺病毒Ad-PLIN1和Ad-NC（空载病毒）处理后的牛前体脂肪细胞差异表达基因进行分析。通过转录组测序分析,共检测到1923个差异表达基因,对差异基因GO分析和KEGG信号通路分析,部分差异基因富集在与脂肪增殖分化相关的AMPK信号通路、Wnt信号通路和PPAR信号通路上,在转录水平说明PLIN1基因对脂肪增殖和代谢有重要调节作用。测序结果也筛选了新的与脂肪代谢相关通路的差异基因,为秦川肉牛的分子育种提供理论支持。5、基于小RNA测序分析PLIN1基因对脂类代谢影响及关键基因挖掘进一步研究PLIN1基因对脂类代谢的影响,对转录组测序个体进行small RNA测序。对测序结果分析,共鉴定到719个已知mi RNAs和112个新的mi RNAs,发现34个差异表达mi RNA,其中18个mi RNA上调,16个mi RNA下调,对差异表达mi RNA靶基因进行预测共得到6000个靶基因。对差异表达mi RNA靶基因进行GO富集分析和KEGG通路分析,其中部分富集在MAPK信号通路、c GMP-PKG信号通路和m TOR信号通路等脂肪代谢、蛋白质代谢和细胞免疫信号通路。通过m RNA-seq与small RNA-seq整合分析,依据mi RNA与其靶基因间的对应关系对差异表达mi RNA的靶基因进行GO富集和KEGG通路分析,主要富集在Wnt信号通路、氨基酸的生物合成、p53信号通路和MAPK信号通路。综上所述,本研究通过构建逐段缺失载体和EMSA实验对牛PLIN1基因的转录调控机制初步研究,运用高通量测序RNA-seq和small RNA-seq运用多组学分析从m RNA-mi RNA水平研究PLIN1基因在脂类代谢中的作用。
二、家畜分子育种研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、家畜分子育种研究进展（论文提纲范文）
（1）浅析生物技术在作物育种中的应用（论文提纲范文）
| 1 生物技术育种发展历程 |
| 1.1 组织培养育种 |
| 1.2 转基因育种 |
| 1.3 分子设计育种 |
| 2 生物技术育种的应用 |
| 2.1 组织培养技术在作物育种中的应用 |
| 2.1.1 单倍体育种 |
| 2.1.2 体细胞杂交育种 |
| 2.1.3 诱变育种 |
| 2.2 转基因技术在作物育种中的应用 |
| 2.2.1 抗性育种 |
| 2.2.2 品质育种 |
| 2.3 分子设计在作物育种的应用 |
| 2.3.1 分子标记辅助育种 |
| 2.3.2 基因编辑育种 |
| 2.3.3 全基因组选择育种 |
| 3 前景展望 |
（2）2020年国内外家兔遗传育种与繁殖研究进展（论文提纲范文）
| 1 国外家兔遗传育种与繁殖研究进展 |
| 1.1 传统育种 |
| 1.1.1 选择效应及性状评估 |
| 1.1.2 遗传与环境互作 |
| 1.2 分子育种 |
| 1.2.1 生长及肉品质相关基因 |
| 1.2.2 繁殖性能相关基因 |
| 1.2.3 品种与遗传多样性 |
| 2 国内家兔遗传育种与繁殖研究进展 |
| 2.1 传统育种 |
| 2.1.1 选择效应及性状评估 |
| 2.1.2 遗传与环境互作 |
| 2.2 分子育种 |
| 2.2.1 皮毛性状相关基因 |
| 2.2.2 肉质性状相关基因 |
| 2.2.3 繁殖性能相关基因 |
| 2.2.4 品种或遗传多样性 |
| 3 小 结 |
（3）山羊SNP芯片设计与内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析及基因组选择研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 绒山羊育种研究进展 |
| 1.1.1 绒山羊概述 |
| 1.1.2 绒山羊育种现状 |
| 1.2 SNP芯片的研究进展 |
| 1.2.1 SNP分型芯片的特点 |
| 1.2.2 SNP分型芯片的分类及原理 |
| 1.2.3 SNP分型芯片在畜牧领域的概况及应用 |
| 1.3 全基因组关联分析研究进展 |
| 1.4 羊基因组选择研究进展 |
| 1.4.1 基因组选择理论 |
| 1.4.2 基因组选择方法 |
| 1.4.3 基因组选择影响因素 |
| 1.4.4 羊基因组选择研究进展 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 1.6 技术路线图 |
| 2 研究一 内蒙古绒山羊重要经济性状遗传参数的评估 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 数据来源 |
| 2.1.2 非遗传因素分析-广义最小二乘法 |
| 2.1.3 多性状重复力混合模型估计遗传参数 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 基本统计分析 |
| 2.2.2 固定效应的确定 |
| 2.2.3 遗传参数估计 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 遗传力 |
| 2.3.2 遗传相关 |
| 2.4 小结 |
| 3 研究二 山羊70KSNP芯片的研发设计与测试 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 芯片设计数据来源 |
| 3.1.2 芯片测试数据来源 |
| 3.1.3 主要分析软件及工具 |
| 3.1.4 主要试剂及仪器 |
| 3.1.5 位点筛选 |
| 3.1.6 位点优化 |
| 3.1.7 DNA提取 |
| 3.1.8 基因分型 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 70K SNP芯片的设计 |
| 3.2.2 70K SNP芯片与Illumina 52K SNP芯片的比较 |
| 3.2.3 位点检出率 |
| 3.2.4 位点MAF统计 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 4 研究三内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样品采集 |
| 4.1.2 表型数据处理 |
| 4.1.3 数据质控 |
| 4.1.4 全基因组关联分析 |
| 4.1.5 GO、KEGG富集分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 表型数据的基本统计 |
| 4.2.2 数据质控及群体遗传结构分析 |
| 4.2.3 绒长性状的全基因组关联分析 |
| 4.2.4 绒细性状的全基因组关联分析 |
| 4.2.5 产绒量性状的全基因组关联分析 |
| 4.2.6 功能富集分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 5 研究四内蒙古绒山羊重要经济性状基因组选择研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 构建参考群 |
| 5.1.2 基因型数据 |
| 5.1.3 GBLUP |
| 5.1.4 SSGBLUP |
| 5.1.5 基因组准确性评估 |
| 5.1.6 世代间隔 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 群体结构和遗传参数 |
| 5.2.2 基因组预测准确性比较 |
| 5.2.3 世代间隔 |
| 5.2.4 选择效果分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 结论 |
| 7 创新点 |
| 8 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（4）阿什旦牦牛早期生长性状的全基因组选择与关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 家畜育种发展历程概述 |
| 1.2 基因组选择的方法及应用概述 |
| 1.2.1 基因组选择的原理及模型 |
| 1.2.2 基因组选择在家畜育种中的应用现状 |
| 1.3 全基因组关联分析的方法及应用 |
| 1.3.1 全基因组关联分析的原理及统计模型 |
| 1.3.2 全基因组关联分析在家畜生长性状中的应用概述 |
| 1.4 阿什旦牦牛新品种简述 |
| 1.5 本研究目的与意义 |
| 第二章 阿什旦牦牛早期生长性状的基因组选择 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验群体的构建及表型数据收集 |
| 2.1.2 血样采集及基因型的获取 |
| 2.1.3 群体连锁不平衡分析 |
| 2.1.4 全基因组育种值估计 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 表型数据基本统计量及分析 |
| 2.2.2 基因型数据统计及分析 |
| 2.2.3 不同早期生长性状的估计遗传力 |
| 2.2.4 不同方法估计GEBV的准确性 |
| 2.3 小结 |
| 第三章 阿什旦牦牛早期生长发育性状的全基因组关联分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验群体的构建及表型数据收集 |
| 3.1.2 血样采集及基因型的获取 |
| 3.1.3 不同方法的全基因组关联分析 |
| 3.1.4 显着位点的筛选及基因注释 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 阿什旦牦牛早期增重关联分析结果 |
| 3.2.2 阿什旦牦牛早期体长增长关联分析结果 |
| 3.2.3 阿什旦牦牛早期体高增长关联分析结果 |
| 3.2.4 阿什旦牦牛早期胸围增长关联分析结果 |
| 3.3 小结 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 基因组选择 |
| 4.1.1 不同统计模型下GEBV的准确性 |
| 4.1.2 不同标记密度下GEBV的准确性 |
| 4.1.3 不同LD水平下GEBV的准确性 |
| 4.2 全基因组关联分析 |
| 4.2.1 阿什旦牦牛早期生长发育性状候选基因 |
| 4.2.1.1 与阿什旦牦牛两个生长发育性状同时关联的候选基因 |
| 4.2.1.2 与其他生长性状关联的候选基因 |
| 4.2.2 GWAS在分子育种中的应用 |
| 第五章 全文结论 |
| 5.1 全文结论 |
| 5.2 待解决的问题 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（5）2019年国内外家兔遗传育种与繁殖研究进展（论文提纲范文）
| 1 国外家兔遗传育种与繁殖研究进展 |
| 1.1 传统育种 |
| 1.1.1 选择及环境效应 |
| 1.1.2 添加剂对性状的影响 |
| 1.2 分子育种 |
| 1.2.1 繁殖性能相关基因 |
| 1.2.2 生长、肉质、毛色等其他性状相关基因 |
| 1.3 繁殖性状 |
| 1.3.1 冷冻精液研究 |
| 1.3.2 添加物对繁殖性能的影响 |
| 2 国内家兔遗传育种与繁殖研究进展 |
| 2.1 传统育种 |
| 2.2 分子育种 |
| 2.2.1 品种与遗传多样性 |
| 2.2.2 肉质性状 |
| 2.2.3 皮毛性状相关基因 |
| 2.2.4 生殖及抗病性能 |
| 2.2.5 基因编辑技术 |
| 2.3 繁殖性状 |
| 3 小 结 |
（6）陕北白绒山羊MMAF相关基因遗传变异的挖掘及其与产羔数关联研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 陕北白绒山羊产羔数性状分子育种现状 |
| 1.2 分子育种的研究进展 |
| 1.2.1 分子育种的含义及意义 |
| 1.2.2 分子育种的分类 |
| 1.2.3 分子育种在家畜中的应用 |
| 1.3 分子育种与SNP研究进展 |
| 1.3.1 SNP的概述 |
| 1.3.2 SNP的检测方法 |
| 1.3.3 SNP在畜禽中的应用 |
| 1.4 分子育种与INDEL研究进展 |
| 1.4.1 INDEL的定义 |
| 1.4.2 INDEL的检测方法 |
| 1.4.3 INDEL在畜禽中的应用 |
| 1.5 分子育种与CNV研究进展 |
| 1.5.1 CNV的概述 |
| 1.5.2 CNV的形成过程 |
| 1.5.3 CNV在畜禽中的应用 |
| 1.6 MMAF相关基因研究进展 |
| 1.7 研究目的与意义 |
| 第二章 山羊MMAF相关基因的INDEL挖掘及其与产羔数的关联分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 基因组DNA提取 |
| 2.1.3 INDEL突变查找及引物设计 |
| 2.1.4 PCR扩增程序及体系 |
| 2.1.5 琼脂糖凝胶电泳和测序鉴定分型 |
| 2.1.6 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 MMAF相关基因的INDEL位点的检测 |
| 2.2.2 MMAF相关基因INDEL位点的频率统计分析 |
| 2.2.3 MMAF相关基因INDEL位点与山羊产羔数的关联分析 |
| 2.2.4 MMAF相关基因INDEL突变的连锁不平衡分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 山羊DNAH1 基因的CNV挖掘及其与产羔数的关联分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料准备 |
| 3.1.2 基因组DNA提取方法 |
| 3.1.3 引物设计 |
| 3.1.4 实时荧光定量 |
| 3.1.5 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 qPCR引物检测 |
| 3.2.2 DNAH1基因拷贝数变异在陕北白绒山羊的频率分布 |
| 3.2.3 DNAH1 基因3个CNV变异与产羔数的关联分析 |
| 3.2.4 DNAH1 基因外显子CNVs突变的连锁不平衡分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 山羊DNAH1 基因的SNP挖掘及其与产羔数的关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验动物 |
| 4.1.2 基因组DNA提取 |
| 4.1.3 转录因子预测及引物设计 |
| 4.1.4 目的片段Sanger测序 |
| 4.1.5 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 琼脂糖结果检测目的片段 |
| 4.2.2 Sanger测序鉴定启动子SNP突变 |
| 4.2.3 DNAH1 基因SNP突变在山羊群体的频率分布 |
| 4.2.4 DNAH1 基因SNP突变差异结合的转录因子 |
| 4.2.5 DNAH1 基因SNP突变与山羊产羔数关联分析 |
| 4.2.6 DNAH1 基因SNP突变的连锁不平衡分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 山羊MMAF相关基因关键突变位点与山羊产羔数的组合效应分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 MMAF相关基因的组合基因型频率分布 |
| 5.1.2 数据分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 MMAF相关基因关键突变位点的连锁不平衡分析 |
| 5.2.2 MMAF相关基因突变位点的组合基因型频率分析 |
| 5.2.3 MMAF相关基因突变位点与产羔数的组合效应关联分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 试验结论与创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（7）水稻耐碱性研究进展（论文提纲范文）
| 1 碱胁迫对水稻生长发育的影响 |
| 1.1 碱胁迫对水稻种子萌发的影响 |
| 1.2 碱胁迫对水稻根系的影响 |
| 1.3 碱胁迫对水稻生长的影响 |
| 1.4 碱胁迫对水稻产量的影响 |
| 2 碱胁迫对水稻生理生化的影响 |
| 2.1 碱胁迫对光合作用的影响 |
| 2.2 碱胁迫对水稻体内离子含量的影响 |
| 2.3 碱胁迫对水稻细胞膜透性的影响 |
| 3 水稻耐碱的机理 |
| 3.1 渗透调节 |
| 3.2 离子平衡 |
| 3.3 抗氧化保护 |
| 3.4 激素调节 |
| 4 水稻耐碱相关基因研究进展 |
| 4.1 耐碱基因的克隆和功能鉴定 |
| 4.2 水稻碱胁迫下的QTL研究进展 |
| 5 提高水稻耐碱的途径 |
| 5.1 采取合适的栽培措施 |
| 5.2 选育耐盐碱品种 |
| 6 展望 |
（8）秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 文献综述:CDC10基因与肉牛生长性状研究进展 |
| 一、肉牛生长性状分子育种相关研究进展 |
| 1.我国肉牛产业发展近况 |
| 2.家畜分子育种研究进展 |
| 2.1 国内家畜分子育种研究进展 |
| 2.2 国外家畜分子育种研究进展 |
| 3.肉牛分子育种研究进展 |
| 二、肉牛生长性状相关功能基因及突变位点 |
| 1.功能基因对肉牛生长性状的影响 |
| 2.肉牛生长性状相关分子标记 |
| 三、基因对肉牛成肌细胞增殖和分化的影响 |
| 1.相关功能基因对肉牛肌肉发育的影响 |
| 2.转录因子与牛成肌细胞增殖分化的关系 |
| 2.1 转录因子的概念和作用 |
| 2.2 转录因子相关研究进展 |
| 2.3 转录因子及其靶基因对肉牛肌肉发育的影响 |
| 3.ncRNA的调控作用对肉牛肌肉发育的影响 |
| 四、CDC10基因研究进展 |
| 1.CDC10基因的结构和表达 |
| 2.CDC10基因的相关功能 |
| 3.CDC10基因对肉牛生长发育的影响 |
| C位点对基因表达及生长性状的影响'>4.CDC10 基因g.61710450G>C位点对基因表达及生长性状的影响 |
| 五、小结 |
| 第二章 秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析 |
| 一、引言 |
| 二、材料与方法 |
| 1.主要仪器设备及耗材 |
| 2.实验动物 |
| 3.研究方法 |
| 3.1 肉牛生长性状的测定 |
| 3.2 血液全基因组DNA的提取和PCR反应 |
| 3.3 MassARRAY技术 |
| 3.4 生物信息学预测及分析方法 |
| 3.5 牛成肌细胞的培养和收集 |
| 3.6 细胞中对CDC10基因的过表达和干扰 |
| 3.7 实时定量PCR检测各基因表达量 |
| 3.8 EdU细胞增殖检测 |
| 3.9 成肌细胞MyHC免疫荧光检测 |
| 3.10 EMSA验证转录因子的结合 |
| 3.11 数据统计及分析方法 |
| 三、结果 |
| 1.牛 CDC10 基因启动子上游SNP位点与生长性状的关联性分析 |
| 2.siRNA干扰CDC10 基因表达效率的鉴定 |
| 3.CDC10过表达慢病毒载体颗粒转染及表达效率鉴定 |
| 4.CDC10基因表达量对牛成肌细胞增殖的影响 |
| 5.CDC10基因表达量对牛成肌细胞分化的影响 |
| C位点结合的转录因子的预测'>6.CDC10 基因g.61710450G>C位点结合的转录因子的预测 |
| C位点结合转录因子'>7.EMSA验证g.61710450G>C位点结合转录因子 |
| 四、讨论 |
| 1.CDC10基因分子标记的挖掘 |
| 2.CDC10基因对牛成肌细胞增殖和分化的调控 |
| C位点的结合'>3.转录因子与CDC10 基因g.61710450G>C位点的结合 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（9）内蒙古绒山羊不同毛被类型性状变异及其分子遗传机制的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 哺乳动物被毛的起源与演化 |
| 1.2 哺乳动物被毛的生物学特征与开发利用 |
| 1.2.1 哺乳动物被毛的生物学特征 |
| 1.2.2 哺乳动物被毛的开发利用 |
| 1.3 哺乳动物皮肤毛囊的生物学特征 |
| 1.4 皮肤毛囊发生发育的基本规律 |
| 1.4.1 毛囊的形态发生过程 |
| 1.4.2 毛囊的周期性变化过程 |
| 1.4.3 皮肤毛囊与绒毛生长发育的相关因子 |
| 1.5 山羊起源与绒山羊遗传资源现状 |
| 1.6 动物毛被特征多样性研究进展 |
| 1.6.1 哺乳动物毛被特征多样性及其遗传基础 |
| 1.6.2 绒山羊毛被类型多样性研究进展 |
| 1.7 遗传标记种类 |
| 1.8 高通量测序技术及其在山羊中的研究应用 |
| 1.8.1 全基因组重测序 |
| 1.8.2 转录组测序 |
| 1.8.3 基因芯片 |
| 1.9 家畜育种的理论方法与生物技术 |
| 1.10 本文研究的目的、意义和内容方法 |
| 1.11 技术路线图 |
| 2 研究一 内蒙古绒山羊不同被毛类型的性状差异分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 试验材料 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 检测指标 |
| 2.3.2 数据处理与统计分析 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 不同毛被类型绒山羊的表型特征描述 |
| 2.4.2 不同毛被类型绒毛样品的实验室观察 |
| 2.4.3 毛被类型的遗传方式 |
| 2.4.4 不同年龄毛被类型的比例 |
| 2.4.5 不同毛被类型的特征分布 |
| 2.4.6 不同毛被类型对产绒量、绒厚和抓绒后体重的影响 |
| 2.4.7 不同毛被类型极端个体表型性状的统计与方差分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 不同毛被类型的分布与遗传方式 |
| 2.5.2 不同毛被类型的绒毛品质差异 |
| 2.6 小结 |
| 3 研究二 内蒙古绒山羊的遗传变异检测及FST分化位点的挖掘研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 试验材料 |
| 3.3 试验方法 |
| 3.3.1 基因组DNA的提取 |
| 3.3.2 全基因组测序 |
| 3.3.3 基因组遗传变异检测与注释 |
| 3.3.4 功能突变的基因注释与GO/KEGG富集分析 |
| 3.3.5 全基因组SNP位点FST筛选与GO/KEGG富集分析 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 DNA提取结果 |
| 3.4.2 测序质量与结果统计 |
| 3.4.3 遗传变异的基因组区域分布特征 |
| 3.4.4 错义突变SNP基因注释与GO/KEGG研究 |
| 3.4.5 移码突变InDels的基因注释与GO/KEGG功能研究 |
| 3.4.6 功能突变的韦恩图分析 |
| 3.4.7 全基因组SNP位点F_(ST)分布特征 |
| 3.4.8 FST遗传分化SNP位点的基因组区域注释 |
| 3.4.9 候选基因的GO功能注释与KEGG富集分析 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 遗传变异的基因组特征 |
| 3.5.2 错义突变基因的挖掘分析 |
| 3.5.3 移码突变基因的挖掘分析 |
| 3.5.4 具有移码突变和错义突变基因的挖掘分析 |
| 3.5.5 遗传分化较大的候选基因 |
| 3.5.6 FGF5基因突变信息 |
| 3.6 小结 |
| 4 研究三 绒山羊不同毛被类型的全基因组扫描分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 试验材料 |
| 4.3 试验方法 |
| 4.3.1 连锁不平衡分析 |
| 4.3.2 群体遗传结构分析 |
| 4.3.3 全基因组选择信号扫描分析 |
| 4.3.4 受选择基因的GO功能注释与KEGG富集分析 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 群体遗传结构特征 |
| 4.4.2 不同毛被绒山羊选择信号 |
| 4.4.3 长毛型绒山羊受选择基因的功能富集分析 |
| 4.4.4 短毛型绒山羊受选择基因的功能富集分析 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 绒山羊遗传结构特征 |
| 4.5.2 长毛型绒山羊的受选择候选基因 |
| 4.5.3 短毛型绒山羊的受选择候选基因 |
| 4.5.4 共有的受选择基因 |
| 4.6 小结 |
| 5 研究四 绒山羊不同毛被类型及毛长的全基因组关联分析 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 试验材料 |
| 5.3 试验方法 |
| 5.3.1 不同毛被类型的试验-对照GWAS分析 |
| 5.3.2 毛长性状的混合线性模型分析 |
| 5.4 结果与分析 |
| 5.4.1 典型毛被类型表型描述性统计分析结果 |
| 5.4.2 不同毛被类型的GWAS分析 |
| 5.4.3 不同毛被类型的候选基因的蛋白互作分析 |
| 5.4.4 毛长性状的GWAS |
| 5.4.5 毛长候选基因的GO功能注释与KEGG富集分析 |
| 5.5 讨论 |
| 5.5.1 毛被类型GWAS的候选基因 |
| 5.5.2 毛长性状GWAS的候选基因 |
| 5.6 小结 |
| 6 研究五 整合GWAS和WGCNA分析挖掘毛被类型相关的候选基因 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 试验材料 |
| 6.3 试验方法 |
| 6.3.1 数据筛选与获得 |
| 6.3.2 权重共表达网络构建 |
| 6.3.3 毛被类型相关模块的筛选及基因表达模式分析 |
| 6.3.4 模块基因的GO/KEGG富集分析 |
| 6.3.5 模块基因互作网络关系图的构建 |
| 6.3.6 基因蛋白-蛋白互作网络构建 |
| 6.4 结果与分析 |
| 6.4.1 权重基因共表达网络的构建 |
| 6.4.2 共表达网络构建及模块筛选 |
| 6.4.3 模块基因表达模式分析 |
| 6.4.4 模块基因GO功能注释与KEGG富集分析 |
| 6.4.5 基因网络关系图 |
| 6.4.6 蛋白-蛋白互作网络分析 |
| 6.5 讨论 |
| 6.5.1 WGCNA的Yellow模块的候选基因 |
| 6.5.2 候选基因的功能分析 |
| 6.5.3 共有基因的潜在功能研究 |
| 6.6 小结 |
| 7 研究六 候选基因的表达趋势及与毛被类型的关联分析验证 |
| 7.1 前言 |
| 7.2 试验材料 |
| 7.3 试验方法 |
| 7.3.1 候选基因的RPKM表达趋势分析 |
| 7.3.2 DNA提取与质检 |
| 7.3.3 引物设计 |
| 7.3.4 PCR反应 |
| 7.3.5 Sanger测序 |
| 7.3.6 相关性统计分析 |
| 7.4 结果与分析 |
| 7.4.1 样本DNA质量与完整性 |
| 7.4.2 Sanger测序结果 |
| 7.4.3 候选基因的表达趋势分析 |
| 7.4.4 候选SNP位点与毛被类型关联分析 |
| 7.5 讨论 |
| 7.6 小结 |
| 8 全文主要研究结论 |
| 9 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（10）牛PLIN1基因转录调控机制及其对前体脂肪细胞增殖、分化和脂类代谢的作用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 脂肪细胞分化研究进展 |
| 1.1.1 脂肪组织和脂肪细胞概述 |
| 1.1.2 脂肪代谢研究进展 |
| 1.1.3 研究脂肪细胞增殖分化的模型 |
| 1.2 PAT家族研究进展 |
| 1.2.1 PLIN1基因研究进展 |
| 1.2.2 PLIN2基因研究进展 |
| 1.2.3 TIP47基因研究进展 |
| 1.2.4 S3-12基因研究进展 |
| 1.2.5 非哺乳动物PAT家族蛋白研究进展 |
| 1.3 分子标记辅助育种 |
| 1.4 真核生物转录调控及重要转录因子研究进展 |
| 1.4.1 C/EBPs家族C/EBPβ |
| 1.4.2 E2F家族E2F1 |
| 1.4.3 PLAG基因家族PLAG1 |
| 1.4.4 Smads家族Smad3 |
| 1.5 多组学高通量测序研究进展 |
| 1.5.1 转录组测序研究进展 |
| 1.5.2 small RNA测序研究进展 |
| 1.5.3 miRNA-mRNA联合分析研究进展 |
| 1.6 脂质代谢的重要通路研究进展 |
| 1.6.1 AMPK信号通路的组成及调控机制 |
| 1.6.2 Wnt信号通路的组成及调控机制 |
| 1.6.3 PPAR信号通路的组成及调控机制 |
| 1.7 本研究的目的与意义 |
| 第二章 PLIN1基因表达模式及其多态位点与秦川肉牛生长性状和肉质性状的关联分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 主要仪器与试剂耗材 |
| 2.2.2 组织样品及血液采集与冷冻保存 |
| 2.2.3 血样DNA的提取、组织样品总RNA的提取和cDNA的合成 |
| 2.2.4 实时荧光定量qRT-PCR检测 |
| 2.2.5 数据采集 |
| 2.2.6 多态位点检测 |
| 2.2.7 多态位点分型 |
| 2.2.8 数据分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 组织总RNA电泳检测 |
| 2.3.2 PLIN1 基因mRNA表达谱分析 |
| 2.3.3 牛PLIN1基因序列分析 |
| 2.3.4 PLIN1基因序列同源性分析 |
| 2.3.5 PLIN1基因系统进化树 |
| 2.3.6 PLIN1基因多态性位点遗传分析 |
| 2.3.7 PLIN1 基因SNP位点对秦川肉牛肉质和生长性状的影响 |
| 2.3.8 PLIN1基因的连锁不平衡和单倍型关联分析 |
| 2.3.9 PLIN1 基因SNP单倍型组合对秦川肉牛肉质和生长性状的影响 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 转录因子E2F1、PLAG1、C/EBPβ和SMAD3对PLIN1基因的转录调控作用 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 主要仪器与试剂耗材 |
| 3.2.2 启动子双荧光素酶报告载体的构建 |
| 3.2.3 细胞培养和报告载体的转染 |
| 3.2.4 转录因子的定点突变与基因干扰 |
| 3.2.5 凝胶阻滞试验(EMSA) |
| 3.2.6 数据分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 PCR扩增牛PLIN1 基因启动子区域 |
| 3.3.2 重组质粒pGL3-PLIN1 Promoter的鉴定 |
| 3.3.4 双荧光素酶报告系统检测牛PLIN1基因启动子逐段缺失片段活性 |
| 3.3.5 PLIN1基因核心启动子区域关键转录因子的预测和分析 |
| 3.3.6 C/EBPβ,E2F1,PLAG1和SMAD3 结合位点突变对PLIN1 基因启动子活性影响 |
| 3.3.7 siC/EBPβ,siE2F1,siPLAG1和siSMAD3 对各转录因子和PLIN1 基因表达量的影响 |
| 3.3.8 干扰C/EBPβ,E2F1,PLAG1和SMAD3 表达对PLIN1 基因的启动子活性的影响 |
| 3.3.9 C/EBPβ,E2F1,PLAG1和SMAD3 转录因子特异结合PLIN1 基因启动子 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 牛PLIN1基因重组过表达腺病毒和干扰腺病毒包装、对牛脂肪细胞增殖、分化和脂类代谢作用 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料和方法 |
| 4.2.1 主要仪器与试剂耗材 |
| 4.2.2 实时荧光定量PCR分析 |
| 4.2.3 PLIN1基因过表达腺病毒的包装 |
| 4.2.4 PLIN1基因干扰腺病毒的包装 |
| 4.2.5 细胞免疫荧光 |
| 4.2.6 流式细胞技术分析细胞周期 |
| 4.2.7 细胞edu染色 |
| 4.2.8 蛋白质免疫印迹分析 |
| 4.2.9 油红O染色 |
| 4.2.10 甘油三酯(TG)测定 |
| 4.2.11 数据分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 牛PLIN1 基因CDS区克隆与鉴定 |
| 4.3.2 牛PLIN1基因过表达腺病毒载体的构建与重组腺病毒包装 |
| 4.3.3 牛PLIN1基因干扰腺病毒载体的构建与重组腺病毒包装 |
| 4.3.4 PLIN1基因细胞免疫荧光 |
| 4.3.5 PLIN1基因过表达和干扰腺病毒的效率检测 |
| 4.3.6 干扰和过表达PLIN1基因对牛前体脂肪细胞增殖的影响 |
| 4.3.7 过表达和干扰PLIN1基因对牛脂肪细胞分化的影响 |
| 4.3.8 过表达和干扰PLIN1 对牛脂肪代谢相关基因的mRNA表达水平的影响 |
| 4.3.9 过表达和干扰PLIN1对牛脂肪代谢相关基因的蛋白表达水平的影响 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 基于转录组测序分析PLIN1基因对脂类代谢影响及关键基因挖掘 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 主要仪器设备与试剂耗材 |
| 5.2.2 牛前体脂肪细胞的分离培养及冷冻保存 |
| 5.2.3 牛前体脂肪细胞的复苏、培养及诱导分化 |
| 5.2.4 转录组测序(RNA-Seq)研究 |
| 5.2.5 实时荧光定量PCR分析 |
| 5.2.6 数据分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 牛前体脂肪细胞总RNA质量检测 |
| 5.3.2 转录组测序数据质量评估 |
| 5.3.3 转录组测序的可变剪切(AS)事件分析 |
| 5.3.4 基因表达水平及RNA-Seq相关性分析 |
| 5.3.5 转录组差异表达基因筛选 |
| 5.3.6 转录组测序差异表达基因的RT-PCR验证 |
| 5.3.7 转录组差异基因GO富集分析 |
| 5.3.8 转录组差异基因KEGG富集分析及调控通路 |
| 5.3.9 转录组差异基因与脂类代谢相关的KEGG通路分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 秦川肉牛脂肪细胞small RNA测序及转录组测序关联分析 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 主要仪器设备与试剂耗材 |
| 6.2.2 牛前体脂肪细胞的分离培养及冷冻保存 |
| 6.2.3 牛前体脂肪细胞的复苏、培养及诱导分化 |
| 6.2.4 small RNA测序(small RNA-Seq)研究 |
| 6.2.5 small RNA测序数据处理及生物信息学分析 |
| 6.2.6 数据分析 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 small RNA测序结果分析 |
| 6.3.2 参考序列比对结果 |
| 6.3.3 miRNA碱基偏好性 |
| 6.3.4 已知miRNA、新mi RNA预测、ncRNA和 sRNA分类注释统计的分析 |
| 6.3.5 miRNA表达及差异分析 |
| 6.3.6 整合分析RNA-seq与 small RNA-seq |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 小结 |
| 第七章 结论 |
| 7.1 实验结论 |
| 7.2 创新点 |
| 7.3 展望 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
四、家畜分子育种研究进展（论文参考文献）
- [1]浅析生物技术在作物育种中的应用[J]. 王玉杰,冷春旭,孙中义,王珣,赵曦,李晓娟,赵伟. 农业科技通讯, 2022(02)
- [2]2020年国内外家兔遗传育种与繁殖研究进展[J]. 王源朗,丁海生,赵辉玲,黄冬维. 中国畜牧兽医, 2022
- [3]山羊SNP芯片设计与内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析及基因组选择研究[D]. 王凤红. 内蒙古农业大学, 2021
- [4]阿什旦牦牛早期生长性状的全基因组选择与关联分析[D]. 葛菲. 中国农业科学院, 2021
- [5]2019年国内外家兔遗传育种与繁殖研究进展[J]. 丁海生,黄冬维,汪勇,程广龙,马荣幸,杨永新,赵辉玲. 中国畜牧兽医, 2020(12)
- [6]陕北白绒山羊MMAF相关基因遗传变异的挖掘及其与产羔数关联研究[D]. 王真. 西北农林科技大学, 2020(04)
- [7]水稻耐碱性研究进展[J]. 冷春旭,郑福余,赵北平,刘海英,王玉杰. 生物技术通报, 2020(11)
- [8]秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析[D]. 孔晓卉. 内蒙古大学, 2020(01)
- [9]内蒙古绒山羊不同毛被类型性状变异及其分子遗传机制的研究[D]. 李晓凯. 内蒙古农业大学, 2020
- [10]牛PLIN1基因转录调控机制及其对前体脂肪细胞增殖、分化和脂类代谢的作用研究[D]. 李世军. 西北农林科技大学, 2020
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