一、沙田柚自交花柱S_1-RNase的免疫胶体金定位（论文文献综述）
陈玉梅,李璐璐,徐媛,陈锦玲,李惠敏,秦新民[1]（2018）在《沙田柚生长素响应基因SAUR的鉴定及序列分析》文中提出[目的]研究沙田柚生长素响应基因SAUR基因编码的蛋白质序列所包含的生物信息学。[方法]以沙田柚自交和异交花柱为材料,通过高通量测序技术进行转录组测序,在差异表达基因中鉴定出SAUR基因。[结果]该基因全长857 bp（登录号为MH281940）,开放阅读框（ORF）为381 bp,编码126个氨基酸,编码的蛋白质理论等电点为5.76,相对分子质量为13.74 kD,含有1个与Auxininducible superfamily蛋白相同的保守结构域。沙田柚SAUR基因在自交1～3 d花柱中的表达量（RPKM）分别为8.42、56.02、53.45;而在异交1～3 d花柱中的表达量分别为11.98、36.74、8.53。氨基酸序列分析表明,该基因编码的氨基酸与克莱门柚和甜橙SAUR基因编码的氨基酸的同源性分别为100%、99%。系统进化树显示,沙田柚SAUR基因与克莱门柚和甜橙的亲缘关系很近,属同一进化分支。[结论]研究结果可为今后深入研究沙田柚自交不亲和机理提供参考。
陈锦玲,徐媛,陈玉梅,李璐璐,李惠敏,秦新民[2]（2018）在《沙田柚类蛋白激酶基因的鉴定及生物信息学分析》文中研究说明[目的]研究沙田柚类蛋白激酶基因编码的蛋白质序列所包含的生物信息学。[方法]利用高通量测序对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,通过差异分析得到沙田柚类蛋白激酶基因序列。采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及功能域等方面进行预测和分析。[结果]该基因全长为2 323 bp,开放阅读框（ORF）全长为1 560 bp（Genbank登录号:MG925820）,共编码519个氨基酸,分子质量为57.39 kD,等电点PI为8.55。该蛋白质含有1个植物STKc IRAK蛋白家族的保守结构域,为亲水性稳定蛋白。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与克莱门柚和甜橙的同源性分别为100%、99%。系统进化树表明沙田柚类蛋白激酶基因与克莱门柚和甜橙亲缘关系很近,属于同一进化分支。[结论]该研究结果可为今后深入研究沙田柚自交不亲和机理提供参考。
李惠敏,罗琼,肖君,李少梅,刘华英,秦新民[3]（2017）在《沙田柚RING-H2 finger基因的生物信息学分析》文中研究说明为探讨沙田柚自交不亲和性的机理,利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序,通过差异分析得到了沙田柚RING-H2 finger基因序列。采用生物信息学方法,对其编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构以及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明:该基因全长为845 bp,开放阅读框（ORF）全长为387 bp,编码128个氨基酸,编码蛋白质的分子量为13.61 KDa,理论等电点为4.26;该蛋白质含有一个植物RING-H2 finger蛋白家族的保守结构域,为疏水性不稳定蛋白。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与甜橙（Cs4g15340.1）RING-H2 finger蛋白的相似度为98%。这些分析结果可为今后深入研究该蛋白的结构特征和功能提供参考。
刘玉洁,郭丹妮,张渝,覃信梅,李惠敏,秦新民[4]（2017）在《沙田柚GDSL酯酶/脂肪酶基因的鉴定及序列分析》文中研究说明利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序。通过差异分析得到GDSL酯酶/脂肪酶的基因序列,该基因全长1 306 bp（Gen Bank登录号:KU159279）,开放阅读框（简称ORF）全长1 104 bp,共编码367个氨基酸,编码的蛋白质分子量为40.09 ku,理论等电点为6.44,含有1个与SGNH蛋白相同的保守结构域（conserved active sites,简称CAS）;GDSL基因在沙田柚自交1 d花柱中的表达量（简称RPKM）为4.68,2 d为2.41,3 d则迅速下降到0.27;在异交1 d花柱中该基因的表达量为4.48,2 d迅速升高至7.43,3 d仍维持较高水平为4.37;系统进化树显示,沙田柚GDSL酯酶/脂肪酶基因与甜橙（Citrus sinensis）亲缘关系很近,属于同一进化分支。
郭丹妮[5]（2017）在《沙田柚自交和异交花柱miRNA测序及miRNA的差异表达分析》文中研究指明沙田柚属芸香科柑橘属果树,为配子体高度自交不亲和植物,其自交不亲和的分子机理目前尚未见报道。miRNA是一类序列长度为20-24nt的非蛋白质编码的内源小分子RNA,在植物的生长发育和逆境胁迫反应等过程起着重要作用。因此,寻找与沙田柚自交不亲和相关的miRNA,阐述由miRNA介导的自交不亲和反应的分子机制尤为重要。本研究以沙田柚未授粉花柱（SC）、自交1、2、3天（ZJ1、ZJ2、ZJ3）以及异交1、2、3天花柱（YJ1、YJ2、YJ3）为实验材料,构建小RNA测序文库。利用HiSeq深度测序对所有的Small RNA进行测序。然后对差异表达miRNA进行分类注释和靶基因预测,并对靶基因进行GO功能注释以及KEGG pathway注释,探讨miRNA在沙田柚自交不亲和中的作用。主要结果如下:1、采用高通量测序技术对沙田柚7个样品的小RNA文库进行测序,各个样品获得的total-reads分别为:SC为 13326242、YJ1 为23674636、YJ2为 14465682、YJ3 为24805180、ZJ1为21113205、ZJ2为19050972、ZJ3为22881662。去除低质量序列、接头序列、小于18nt的序列后,获得的clean-reads分别为:SC为11523295、YJ1为23046850、YJ2 为 12556786、YJ3 为 23949192、ZJ1 为 20472150、ZJ2 为 18567950、ZJ3 为 22197840。将获得的clean-reads比对到基因组,各样品比对到基因组的sRNA的数目分别为:SC为 7284921、YJ1 为 16759796、YJ2 为 8594610、YJ3 为 17855172、ZJ1 为 15341949、ZJ2 为 13545677、ZJ3 为 16132232。2、基于miRNA相似性序列和二级结构预测的结果表明:7个样品中鉴定出已知的miRNA属于28个家族,包括一个未定义家族。7个样品中,未授粉花柱中已知miRNA的个数为118,新miRNA为411个。异交1、2、3天花柱中的已知miRNA的个数分别为232、122和219个,新miRNA分别为1184、476和836个。自交1、2、3花柱中已知miRNA的个数分别为178、179和186个,而新miRNA则分别为640、739和801个。各样品中新miRNA数量要大于已知的miRNA数量。3、异交/自交差异表达的miRNA中,miR390a-5p调控有刺激花粉管生长作用的生长素应答反应,可能在花粉管生长中发挥作用;miR172a-5p靶向泛素化途径中的SCF复合体,该靶基因参与的泛素蛋白酶体途径通过与miR5059靶向的AUX/IAA与植物激素信号传导途径相联系,且两个miRNA表达模式基本一致,说明其可能通过调控两条代谢途径参与自交不亲和。在自交和异交样品中持续上调或下调的miRNA中,miR171f在异交样品中持续下调,而miR393-3p在异交样品中持续上调,这两个miRNA主要参与植物的胁迫应答反应,已经证明授粉与压力胁迫应答显示有重叠。miR6197-5p、miR414靶基因功能注释为在花粉管生长过程发挥作用的WRKY转录因子,并在YJ/ZJ中差异表达;说明以上的miRNA可能在自交不亲和反应中发挥一定作用。4、novelmir691和novelmir1021靶向生长素转录因子;novel-mir17靶基因注释到cullin-like protein;靶基因注释为14-3-3 protein（参与多种植物激素信号通路）的novelmir2854和novelmir1770靶向细胞膜成分的磷脂酰肌醇,在YJ/ZJ中存在差异表达,说明可能参与到了自交不亲和反应中去。5、在自交花柱中特有并差异表达的miRNA:novelmir2344靶基因功能为果胶酯酶抑制剂,miR9470-3p靶基因功能有γ-氨基丁酸（GABA）受体和参与糖酵解途径,miR9560a-5p靶基因功能为壁相关受体激酶,miR395靶基因功能为半乳糖代谢和在壁的合成中也发挥一定作用,miR2118b靶基因功能为热激蛋白和分子伴侣功能,miR8775 基因功能包括有泛素调节蛋白酶体途径;miR9560a-5p与novelmir651持续在自交三天持续上调,分别靶向壁受体相关蛋白激酶和植物激素信号传导过程受体蛋白,这些miRNA在自交不亲和中可能发挥负调控作用。novelmir 2651的靶基因为影响花粉管生长的肌动蛋白结合蛋白和类黄酮,此外还有影响孢粉素（花粉壁组成成分）的细胞色素P450,但关于其调控模式和在沙田柚自交不亲和中的作用需进一步验证。6、采用实时荧光定量PCR验证了14个差异表达的miRNAs,结果表明miRNAs的表达结果与测序数据基本一致。
郭丹妮,刘玉洁,张渝,顾金燕,覃信梅,李惠敏,秦新民[6]（2016）在《沙田柚F-box蛋白基因的克隆及序列分析》文中提出采用生物信息学方法,对沙田柚[Citrus maxima（Burm.）Merr.cv.Shatian Yu.]F-box蛋白基因编码的蛋白质从序列特征、理化性质、跨膜结构域、高级结构及功能域等方面进行了预测和分析。结果表明,该基因全长为1 427 bp（Gen Bank登录号为KR363148）,开放阅读框（ORF）全长为1 101 bp,共编码366个氨基酸,编码蛋白质的分子质量43.09 ku,理论等电点5.15。沙田柚F-box蛋白基因编码蛋白含有一个植物F-box蛋白家族的保守结构域,为亲水性非分泌不稳定蛋白,不跨膜运动,共有30个可能的磷酸化位点。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与甜橙（Citrus sinensis,KDO71185）和克莱门柚（Citrus clementina,XP006425495）F-box蛋白的同源性分别为99%、98%。系统进化树表明,沙田柚F-box蛋白基因与与甜橙（Citrus sinensis,KDO71185）和克莱门柚（Citrus clementina,XP006425495）亲缘关系很近,属于同一进化分支。
张渝[7]（2016）在《沙田柚配子体自交不亲和花柱基因数字表达谱的分析》文中研究说明沙田柚（Citrus grandis var.shatinyu）属芸香科、柑橘属植物,是广西的名优水果。因其味美多汁和营养价值高,深受消费者的喜爱。但是沙田柚属严格的配子体自交不亲和性果树,自交坐果率仅为0.3%,所以沙田柚需要在盛花期人工异花授粉,提高座果率。本研究以人工自花授粉和异花授粉（酸柚的花粉）1天、2天、3天后的沙田柚花柱和当天未授粉的沙田柚花柱为实验材料,提取花柱样本总RNA,运用第二代高通量测序技术对各个样本的总mRNA进行测序,并对各个样本的测序结果进行基因数字表达谱（Digital gene expression profiling,DGE）分析,对筛选出的差异表达基因进行表达模式的聚类分析、Gene Ontology功能显着性富集分析、Pathway显着性富集分析,以及qPCR验证。在此基础上对参与沙田柚自交不亲和的相关基因Unigene2441All进行原核表达载体构建,并对其表达的蛋白进行体外沙田柚花粉萌发和花粉管生长抑制实验。论文结果如下:（1）利用RNA-seq测序技术对沙田柚自花授粉和异花授粉1、2、3天后的花柱和未授粉的花柱进行基因数字表达谱分析,各样本均获得超过11754903个clean reads,90%的clean reads能比对的上参考的基因序列。经过差异表达基因的筛选,自花授粉1天与异花授粉1天的花柱之间有244个基因上调表达,27个下调表达的基因;自花授粉2天与异花授粉2天的花柱之间有265个上调表达的基因,244个下调表达的基因;自花授粉3天与异花授粉3天的花柱之间193个基因出现上调表达,685个基因表达下调。（2）GO功能显着性富集分析发现,在自花授粉1天与异花授粉1天后的沙田柚花柱中,差异表达的基因主要参与花粉管的伸长和发育的调控及植物细胞壁的修饰。在自花授粉2天与异花授粉2天后的沙田柚花柱中,差异表达的基因主要参与应对各种化学物质、植物激素、内源和外源物质的刺激及信号转导过程。在自花授粉3天与异花授粉3天后的沙田柚花柱中,差异表达的基因主要参与应对各种化学物质、植物激素、内源物质刺激及信号转导过程。（3）KEEG显着性富集分析发现关于植物激素的信号转导通路的基因显着富集且大部分基因处于下调表达。（4）在花粉体外萌发实验中Unigene2441All基因编码的蛋白对沙田柚花粉的萌发和花粉管的生长均有明显的抑制作用,推测该基因为沙田柚自交不亲和反应中一个重要基因。（5）荧光定量PCR验证结果表明:4个沙田柚花柱差异表达的基因的半定量PCR变化趋势与DGE数据基本吻合。综上所述,本研究运用基因数字表达谱技术对沙田柚自花授粉和异花授粉1、2、3天的花柱样本间差异表达的基因进行分析,发现沙田柚配子体自交不亲和机制是多基因相互协调作用的复杂过程。
刘玉洁,郭丹妮,张渝,覃信梅,李惠敏,秦新民[8]（2015）在《沙田柚RNase-like基因的克隆及序列分析》文中研究指明以沙田柚自交和异交花柱为试材,采用高通量测序技术对其进行转录组测序。通过差异分析得到RNase-like贮藏蛋白的基因序列,并研究了其理化性质。结果表明:该基因全长1 048bp（GenBank登录号为KR363153）,开放阅读框（ORF）全长为693bp,共编码230个氨基酸,编码的蛋白质的分子量为25.82kDa,理论等电点为5.30,含有核苷酸结合的保守区域,属于RNase-T2超家族成员。该蛋白为疏水性蛋白,可能的磷酸化位点共有15个。氨基酸序列同源性分析表明,该基因编码的氨基酸与甜橙和克莱门柚的同源性均为99%。系统进化树显示沙田柚RNase-like贮藏蛋白基因与甜橙,克莱门柚的亲缘关系较近,属于同一进化分支。
秦新民,张渝,刘玉洁,郭丹妮,李惠敏[9]（2015）在《沙田柚S-RNase基因的克隆及序列分析》文中进行了进一步梳理利用高通量测序技术对沙田柚自交和异交花柱进行转录组测序。通过差异分析得到沙田柚S-RNase基因序列。该基因全长为1 238bp（GenBank登录号为KP172529）,开放阅读框（ORF）全长为834bp,共编码278个氨基酸,编码的蛋白质的相对分子质量为31.402kDa,理论等电点为5.30。S-RNase蛋白为亲水性蛋白,共有17个可能的磷酸化位点。氨基酸序列分析表明,其编码的氨基酸与柚Citrus maxima、沙糖桔Citrus reticulata和甜橙Citrus sinensis的同源性分别为99%、98%和96%。系统进化树显示沙田柚S-RNase基因与柚、沙糖桔和甜橙亲缘关系很近,属于同一进化分支。
秦新民,万珊,李惠敏,覃屏生,张渝[10]（2015）在《沙田柚无机焦磷酸酶基因的cDNA克隆及序列分析》文中进行了进一步梳理植物自交不亲和性是植物生殖过程中普遍存在的一种现象,是植物特异性识别并拒绝自身花粉或亲缘关系很相近的花粉的一种遗传机制。无机焦磷酸酶（inorganic pyrophosphatase,IPPase）在植物生长发育方面起重要作用。该研究根据沙田柚花柱消减文库中EST序列（无机焦磷酸酶基因内部片段）,设计了2对特异引物5’-GSP1,5’-n GSP1,3’-GSP2 and 3’-n GSP2,通过SMART-RACE PCR技术从所构建的沙田柚花柱抑制性消减文库中克隆了沙田柚无机焦磷酸酶基因的c DNA全长序列,利用Blastn、DNAman和Expasy软件对所克隆的基因进行同源性分析,以及基因编码的氨基酸的分子量、等电点、疏水性等理化性质分析。结果表明:IPPase基因c DNA全长为1 136 bp（Gen Bank登录号为KF990474）,开放阅读框（ORF）全长为654 bp,共编码217个氨基酸,包括170 bp 5’UTR和312 bp的3’UTR;编码的蛋白质的分子量为24.4 k Da,等电点为5.96;蛋白结构域分析显示沙田柚IPPase与焦磷酸酶具有相同的保守结构域;对沙田柚IPPase蛋白质序列进行疏水性分析,结果表明沙田柚IPPase基因编码的肽链中疏水性最大值约为3.21,最小值约为-2.98,属于亲水性蛋白,无跨膜区域;Blastn搜索的结果显示,沙田柚IPPase基因序列与多种植物的IPP基因高度同源;序列分析表明,沙田柚IPPase基因核苷酸的同源性与毛果杨（Populus trichocarpa）和橡胶树（Hevea brasiliensis）IPPase基因均为87%;氨基酸序列与克莱门柚（Citrus clementina）无机焦磷酸酶完全一致。该研究结果可为深入研究无机焦磷酸酶在沙田柚自交不亲和中的作用机理提供基础。
二、沙田柚自交花柱S_1-RNase的免疫胶体金定位（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、沙田柚自交花柱S_1-RNase的免疫胶体金定位（论文提纲范文）
（1）沙田柚生长素响应基因SAUR的鉴定及序列分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 RNA的提取、建库和测序。 |
| 1.2.2 基因序列分析和系统树构建。 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 开放阅读框预测 |
| 2.2 功能结构域分析 |
| 2.3 表达模式分析 |
| 2.4 编码蛋白质的分析和疏水性预测 |
| 2.5 跨膜预测 |
| 2.6 蛋白质的二级结构和三级结构预测 |
| 2.7 蛋白质的磷酸化位点预测 |
| 2.8 同源性分析 |
| 3 结论与讨论 |
（2）沙田柚类蛋白激酶基因的鉴定及生物信息学分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 RNA的提取。 |
| 1.2.2 测序。 |
| 1.3 序列分析和系统树构建 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因的生物信息学分析 |
| 2.2 编码蛋白质的分析和疏水性预测 |
| 2.3 跨膜预测 |
| 2.4 蛋白质磷酸化位点预测 |
| 2.5 功能结构域分析 |
| 2.6 蛋白质二级以及三级结构的预测 |
| 2.7 同源性分析 |
| 2.8 类蛋白激酶基因在沙田柚自交和异交花柱中的表达 |
| 3 讨论 |
（3）沙田柚RING-H2 finger基因的生物信息学分析（论文提纲范文）
| 1 试验材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 RNA的提取、建库和测序 |
| 1.2.2 序列分析和系统树构建 |
| 1.2.3 基因表达量及差异统计 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因的生物信息学分析 |
| 2.2 功能结构域分析 |
| 2.3 编码蛋白质的分析和疏水性预测 |
| 2.4 跨膜预测 |
| 2.5 蛋白质二级以及三级结构的预测 |
| 2.6 同源序列比对和系统发育 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（4）沙田柚GDSL酯酶/脂肪酶基因的鉴定及序列分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 RNA的提取、建库及测序 |
| 1.2.2 序列分析和系统树构建 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因的生物信息学分析 |
| 2.2 编码蛋白质的分析和疏水性预测 |
| 2.3 功能结构域分析 |
| 2.4 跨膜预测 |
| 2.5 蛋白质磷酸化预测 |
| 2.6 蛋白质二级结构及三级结构预测 |
| 2.7 同源性分析 |
| 3 结论与讨论 |
（5）沙田柚自交和异交花柱miRNA测序及miRNA的差异表达分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 果树自交不亲和S基因研究进展 |
| 1.1.1 果树花柱S基因的研究进展 |
| 1.1.2 果树花粉S基因的研究进展 |
| 1.2 介导SI反应的其他因子 |
| 1.3 miRNA研究进展 |
| 1.3.1 miRNA的形成 |
| 1.3.2 miRNA调控方式 |
| 1.3.3 转录组测序技术研究植物miRNA |
| 1.4 柚类自交不亲和研究进展 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 试剂 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.1.4 RT-PCR引物 |
| 2.1.5 使用的数据库和软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 花柱总RNA的提取 |
| 2.2.2 小分子RNA文库的构建 |
| 2.2.3 信息分析流程简介 |
| 2.3 深度测序结果的生物信息学分析 |
| 2.3.1 序列测序质量的初步分析 |
| 2.3.2 花柱中miRNA的鉴定 |
| 2.3.3 miRNA差异表达分析 |
| 2.3.4 miRNA靶基因的预测 |
| 2.3.5 靶基因GO功能注释 |
| 2.3.6 靶基因KEGG代谢通路分析 |
| 2.4 荧光定量PCR检测miRNA |
| 2.4.1 cDNA第一链的合成 |
| 2.4.2 荧光定量PCR检测 |
| 第3章 结果分析 |
| 3.1 序列分析 |
| 3.1.1 测序数据统计 |
| 3.1.2 small RNA片段长度分布统计 |
| 3.1.3 基因组比对 |
| 3.1.4 sRNA分类注释 |
| 3.1.5 新miRNA预测 |
| 3.1.6 已知miRNA的家族分析 |
| 3.1.7 miRNA靶基因的预测 |
| 3.2 沙田柚花柱已知miRNA的鉴定 |
| 3.3 沙田柚花柱新的miRNA鉴定 |
| 3.4 自交与异交花柱间差异表达的已知和新miRNA分析 |
| 3.5 自交和异交上调或下调差异表达miRNA分析 |
| 3.6 靶基因的预测及功能分析 |
| 3.7 与自交不亲和相关miRNA及靶基因 |
| 3.8 在自交和异交花柱特有差异表达miRNA及其靶基因功能 |
| 3.9 差异表达miRNA的qRT-PCR分析 |
| 3.9.1 候选miRNA荧光定量PCR |
| 3.9.2 Actin和miRNA加尾反转录产物扩增的熔解曲线 |
| 3.9.3 候选miRNA相对表达量 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 深度测序挖掘miRNA |
| 4.2 差异表达miRNA与沙田柚自交不亲和 |
| 4.3 与自交不亲和相关的代谢通路 |
| 4.4 miRNA参与调控沙田柚自交不亲和反应 |
| 第5章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（6）沙田柚F-box蛋白基因的克隆及序列分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 RNA的提取、建库和测序 |
| 1.2.2 序列分析和系统树构建 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因的生物信息学分析 |
| 2.2 编码蛋白质的分析和疏水性预测 |
| 2.3 功能结构域分析 |
| 2.4 跨膜预测 |
| 2.5 蛋白质磷酸化预测 |
| 2.6 蛋白质二级结构及三级结构的预测 |
| 2.7 不同物种间F-box蛋白同源性比较及进化分析 |
| 2.8 F-box蛋白基因在沙田柚自交和异交花柱中的表达 |
| 3 讨论 |
（7）沙田柚配子体自交不亲和花柱基因数字表达谱的分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 前言 |
| 1.1 植物自交不亲和性概述 |
| 1.1.1 植物配子体自交不亲和性的研究进展 |
| 1.1.2 孢子体自交不亲和机制的研究进展 |
| 1.2 沙田柚自交不亲和研究进展 |
| 1.3 数字基因表达谱技术与应用 |
| 1.4 本研究目的及意义 |
| 第2章 实验材料和方法 |
| 2.1 实验材料及其处理 |
| 2.1.1 实验材料的准备 |
| 2.1.2 主要的生化试剂及仪器 |
| 2.2 沙田柚花柱总RNA的提取 |
| 2.3 DGE文库的构建及测序 |
| 2.4 DGE原始数据的基本处理 |
| 2.4.1 测序评估 |
| 2.4.2 差异表达基因 |
| 2.4.3 差异表达基因的GO功能注释及代谢途径分析 |
| 2.5 RNase-like和WRKY转录因子基因的生物信息学分析 |
| 2.6 核糖核酸酶基因(RIB)原核表达载体的构建 |
| 2.6.1 原核表达载体pET43.1a-2441的构建 |
| 2.6.2 重组质粒pET43.1a-2441的转化 |
| 2.6.3 pET43.1a-2441质粒的抽提及酶切鉴定 |
| 2.6.4 融合蛋白的诱导表达与纯化 |
| 2.6.5 SDS-PAGE凝胶电泳 |
| 2.7 实时荧光定量PCR分析 |
| 2.7.1 基因序列及引物的设计 |
| 2.7.2 逆转录 |
| 2.7.3 荧光定量PCR扩增 |
| 2.7.4 检测和计算基因相对表达量 |
| 2.8 花粉的体外萌发实验 |
| 2.8.1 沙田柚花药的脱水处理及贮藏 |
| 2.8.2 超低温贮藏花药的解冻及萌发率的测定 |
| 2.8.3 重组蛋白对离体花粉萌发和花粉管生长的影响 |
| 第3章 结果与分析 |
| 3.1 沙田柚花柱提取RNA的质量检测 |
| 3.2 沙田柚自交、异交花柱基因数字表达谱结果的分析 |
| 3.2.1 测序质量的评估 |
| 3.2.2 测序饱和度的分析 |
| 3.2.3 测序随机性的分析 |
| 3.2.4 基因测序覆盖度 |
| 3.2.5 差异表达基因的筛选 |
| 3.2.6 表达模式的聚类分析 |
| 3.2.7 GO功能显着性富集分析 |
| 3.2.8 Pathway显着性富集分析 |
| 3.3 RNase-like蛋白基因和WRKY转录因子基因的鉴定与分析 |
| 3.3.1 RNase-like基因的分析 |
| 3.3.2 WRKY转录因子基因的分析 |
| 3.4 核糖核酸酶基因原核表达载体构建与目的蛋白的纯化 |
| 3.4.1 重组表达载体的检测 |
| 3.4.2 诱导表达蛋白电泳的结果 |
| 3.5 荧光定量PCR验证 |
| 3.6 花粉体外萌发结果与分析 |
| 第4章 讨论 |
| 4.1 沙田柚配子体自交不亲和相关的候选基因 |
| 4.1.1 核酸酶相关基因 |
| 4.1.2 激素相关基因 |
| 4.1.3 花粉管伸长的相关基因 |
| 4.2 RNase-like基因和WRKY转录因子基因在自交不亲和中差异表达的分析 |
| 第5章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读硕士期间发表论文的情况 |
| 致谢 |
（8）沙田柚RNase-like基因的克隆及序列分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因的生物信息学分析 |
| 2.2 编码蛋白质的分析和疏水性预测 |
| 2.3 功能结构域分析 |
| 2.4 跨膜预测 |
| 2.5 蛋白质磷酸化预测 |
| 2.6 蛋白质二级结构及三级结构预测 |
| 2.7 同源性分析 |
| 3 讨论 |
（10）沙田柚无机焦磷酸酶基因的cDNA克隆及序列分析（论文提纲范文）
| 1材料与方法 |
| 1. 1 材料 |
| 1. 2 引物设计 |
| 1. 3 方法 |
| 2结果与分析 |
| 2. 1 总RNA的提取 |
| 2. 2 无机焦磷酸酶基因的3'RACE和5'RACE结果 |
| 2. 3 拼接和全长基因的生物信息学分析 |
| 3 讨论与结论 |
四、沙田柚自交花柱S_1-RNase的免疫胶体金定位（论文参考文献）
- [1]沙田柚生长素响应基因SAUR的鉴定及序列分析[J]. 陈玉梅,李璐璐,徐媛,陈锦玲,李惠敏,秦新民. 安徽农业科学, 2018(22)
- [2]沙田柚类蛋白激酶基因的鉴定及生物信息学分析[J]. 陈锦玲,徐媛,陈玉梅,李璐璐,李惠敏,秦新民. 安徽农业科学, 2018(16)
- [3]沙田柚RING-H2 finger基因的生物信息学分析[J]. 李惠敏,罗琼,肖君,李少梅,刘华英,秦新民. 生物信息学, 2017(03)
- [4]沙田柚GDSL酯酶/脂肪酶基因的鉴定及序列分析[J]. 刘玉洁,郭丹妮,张渝,覃信梅,李惠敏,秦新民. 江苏农业科学, 2017(11)
- [5]沙田柚自交和异交花柱miRNA测序及miRNA的差异表达分析[D]. 郭丹妮. 广西师范大学, 2017(01)
- [6]沙田柚F-box蛋白基因的克隆及序列分析[J]. 郭丹妮,刘玉洁,张渝,顾金燕,覃信梅,李惠敏,秦新民. 湖北农业科学, 2016(14)
- [7]沙田柚配子体自交不亲和花柱基因数字表达谱的分析[D]. 张渝. 广西师范大学, 2016(01)
- [8]沙田柚RNase-like基因的克隆及序列分析[J]. 刘玉洁,郭丹妮,张渝,覃信梅,李惠敏,秦新民. 北方园艺, 2015(24)
- [9]沙田柚S-RNase基因的克隆及序列分析[J]. 秦新民,张渝,刘玉洁,郭丹妮,李惠敏. 广西师范大学学报(自然科学版), 2015(01)
- [10]沙田柚无机焦磷酸酶基因的cDNA克隆及序列分析[J]. 秦新民,万珊,李惠敏,覃屏生,张渝. 广西植物, 2015(06)